Liiton hallitus hoitaa liiton hallintoa edustajakokouksen päätösten ja liiton sääntöjen mukaisesti.

Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, josta käytetään nimitystä Päällystöliiton puheenjohtaja, neljä varapuheenjohtajaa/puolustushaaravastaavaa ja enintään yhdeksäntoista muuta jäsentä. Varapuheenjohtajat/puolustushaaravastaavat edustavat eri puolustushaaroja (maa-, meri- ja ilmavoimat) sekä Rajavartiolaitosta.

Hallituksen toimikausi on nelivuotinen.